A mikrobiológiában a Python az egyik leghasznosabb eszköz a baktériumkultúrák növekedési görbéinek ábrázolására, a szekvenálási adatok (BioPython) elemzésére vagy a telepek megszámolására.Az alábbiakban egy gyakran használt példát mutatok be: egy bakteriális növekedési görbe szimulálására és vizualizálására, amely logisztikus növekedési modellel és exponenciális fázissal dolgozik.
---------------
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
def bacterial_growth_model(t, N0, r, K):
"""
Logisztikus növekedési modell baktériumok számára.
t: idő (óra)
N0: kezdeti sejtszám
r: növekedési ráta
K: környezeti eltartóképesség (maximális sejtszám)
"""
return (K * N0 * np.exp(r * t)) / (K + N0 * (np.exp(r * t) - 1))
# Paraméterek beállítása
N_0 = 1000 # Kezdő sejtszám
r_val = 0.5 # Növekedési ráta (1/óra)
K_val = 1000000 # Maximális kapacitás
time = np.linspace(0, 24, 100) # Időtartam: 0-tól 24 óráig, 100 lépésben
# Szimuláció
population = bacterial_growth_model(time, N_0, r_val, K_val)
# Eredmények vizualizációja
plt.figure(figsize=(10, 6))
plt.plot(time, population, color='teal', linewidth=2.5, label='Sejtszám $N(t)$')
plt.axhline(y=K_val, color='red', linestyle='--', label='Környezeti eltartóképesség (K)')
# Grafikon csinosítása
plt.title('Bakteriális növekedési görbe (Logisztikus modell)', fontsize=14)
plt.xlabel('Idő (óra)', fontsize=12)
plt.ylabel('Sejtek száma (CFU/ml)', fontsize=12)
plt.legend(loc='lower right')
plt.grid(True, alpha=0.3)
# Megjelenítés
plt.show()
----------------
Kezdő sejtszám: 1000
Növekedési ráta: 0.5
Eltartóképesség: 1000000
Sejtszám 24 óra után: 993899.38
Nincsenek megjegyzések:
Megjegyzés küldése